Het NSO is georganiseerd in vier teams die zich focussen op de inhoudelijke doelen en drie teams die daarbij een ondersteunende rol hebben. De teams werken met ruim mandaat onder aansturing van een driekoppige directie. De programmamanagers van de teams zijn direct aanspreekbaar over de activiteiten van hun teams. De NSO-medewerkers werken allemaal in meerdere teams.